Se pueden dividir: De deslizamiento: Una cuchilla se desliza sobre una guías especiales, que permiten un corte muy fino. Minot: La cuchilla está fija y es la pieza la que se desliza. Balanceo: La cuchilla también se mantiene fija; pero en este caso, tiene además un ángulo específico. Ultramicrótomo: Permite cortes ultradelgados, alcanza espesores de 500 a 1200 amstroms. Crióstato: Son micrótomos acoplados a una cámara de congelación, permitiendo así cortes de 4 a 2 micrómetros.
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