Como cualquier otro cromatógrafo, los cromatógrafos de gases funcionan mediante la interacción selectiva de los compuestos de una mezcla en la columna. Esta interacción depende del material que conforma la columna y de las moléculas y sus grupo químicos en la muestra. Cuando hablamos de un cromatógrafo de gases acoplado a masas (CG-masas), nos referimos a que el detector del equipo es un espectrómetro de masas y por lo tanto los resultados se ofrecerán en ese formato.